Hatékonytalanság
Az egyik legnagyobb hátránya a hidrogénhajtású járművek esetében a magas fokú hatékonyatlanságuk. Figyelembe véve az egész komplex folyamatot a hidrogén kinyerésétől és annak tárolásától egészen az üzemanyag-cellákban történő hidrogén elektromossággá alakításáig a hidrogén üzemanyagú járművek csupán 38%-ban hatékonynak. Ez azt jelenti, hogy minden 100 watt megtermelt energiára csak nagyjából 38 watt használható fel a hidrogén járművek meghajtására.
A hidrogénhajtású járművekkel ellentétben, az elektromos járművek több mint kétszer hatékonyabbak. A legtöbb elektromos jármű körülbelül 80%-ban hatékonyak, ami azt jelenti ebben az esetben, hogy minden 100 watt megtermelt energiára 80 watt használható fel az akkumulátorral működő járművek meghajtására.
Hatékonyság összehasonlítása szempontjából az elektromos járműtechnológia a nyertes, hiszen az előállításhoz szükséges energia sokkal nagyobb mértékben használható fel az akkumulátorral működő elektromos járművek esetében.
Tankolás és elérhetőség
A legfőbb különbség a két járműtechnológia típus tankolásának és annak elérhetőségének szempontjából a kialakított infrastruktúra méretében rejlik. Az elektromos járművek infrastruktúrája sokkal jobban kiépített, emiatt jóval több töltőállomás is megtalálható nemzetközi szinten, mint a hidrogénhajtású járművek esetében. A robosztus infrastruktúra az akkumulátorhajtású elektromos autók felé egyre gyorsabban növekvő keresletnek köszönhetően alakult ki.
Az elektromos járművek popularitásukból adódóan egyre több innovatív eljárás jelent meg: az egyre magasabb élettartamú akkumulátorok és egyre gyorsabban feltöltődő gépjárművek fejlesztése azt eredményezte, hogy mára több száz kilométert meg lehet tenni egy töltéssel, ráadásul a legtöbb új elektromos jármű esetében csupán 30 perc szükséges a 80% töltöttségi szint eléréséhez. A töltőállomásai a benzinkutakhoz képest jóval kevesebb helyen fellelhető, de a kényelmes hozzájutáshoz, otthonra, elektromos töltők is kitelepíthetők.
Töltőállomások
A hidrogén töltőállomások még ritkábban találhatóak meg. Ez betudható annak, hogy a hidrogénhajtású járművek piaca kisebb és még nem annyira ismert zöld autó technológia, így a hidrogén járművek iránti kereslet is jóval elmaradt az elektromos járművekétől. Ha a jármű töltésének gyorsaságát nézzük, láthatjuk, hogy nagyjából 4 perc alatt feltölthető és ez az energia 480 kilométer levezetéséhez elég.
Ha az elérhetőséget és az infrastruktúra kialakítását vesszük figyelembe, akkor az elektromos járműveknek van hatalmas előnye. Ha a töltési gyorsaságot és az azzal elért kilométert szeretnénk összehasonlítani, akkor a hidrogénhajtású járművek élveznek nagyobb előnyt.